水土保持監(jiān)督管理的工作程序為：申報—登記—審批—收費—監(jiān)督檢查—驗收等共六個程序。

1、申報：即指在生產(chǎn)建設(shè)活動中可能產(chǎn)生水土流失的公民、法人和其它組織，在生產(chǎn)建設(shè)動工之前，向水行政主管部門及水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)說明有關(guān)情況的過程。

申報的內(nèi)容：包括單位名稱(個人姓名)、法人代表人、地址、經(jīng)營性質(zhì)、生產(chǎn)建設(shè)、項目名稱、施工時間、占地面積、主要位置和可能造成的水土流失情況等。并填寫《申報表》。

2、登記：即指水行政主管部門及其水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)，對從事與水土保持有關(guān)的生產(chǎn)建設(shè)的公民、法人和其他組織在書面申報或口頭報告的基礎(chǔ)上，根據(jù)申報表及有關(guān)材料中所提供的情況，對所有與水土保持有關(guān)的生產(chǎn)建設(shè)單位和個人分門別類，逐個登記，立檔建卡，并制作生產(chǎn)建設(shè)項目登記表及分布圖的全過程。

登記的內(nèi)容：單位名稱(或個人姓名)、法定代表人、單位住址、施工地點、施工范圍、生產(chǎn)建設(shè)項目名稱及種類，經(jīng)營性質(zhì)等。并填好《生產(chǎn)建設(shè)項目水土保持登記表》。

3、審批：即指水行政主管部門及其水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)，對從事與水土保持有關(guān)的生產(chǎn)建設(shè)的公民、法人和其他組織向本部門申報水土保持方案(水土保持方案具體分為“水土保持方案報告書”和“水土保持方案報告表”兩種)所進行的審查批準的全程。

審批的內(nèi)容：審批的內(nèi)容主要包括“水土保持方案報告書”和“土保持方案報告表”。

水土保持方案編制完成后，由該項目申請單位和個人報請水行政主理部門審批。經(jīng)水行政水保部門審查并批準后，項目申請單位才能到計劃行政部門申請核準建設(shè)項目可行性研究報告和辦理其他有關(guān)審批手續(xù)。

水土保持方案實行分級審批制度。屬國家和省批準立項的重點項目，其水土保持方案應(yīng)由國家和省級水行政水保部門審批。跨地、縣的水土保持方案，報上一級水行政水保部門審批。

4、收費：即指水行政主管部門及其水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)，征收水土流失防治費、補償費的全過程。

防治費是指企事業(yè)單位或個人在建設(shè)和生產(chǎn)過程中對造成的水土流失采取防治措施所需的費用。補償費是指生產(chǎn)建設(shè)單位或個人在生產(chǎn)建設(shè)過程中損壞了原有的水土保持設(shè)施(包括生物設(shè)施、工程設(shè)施和農(nóng)耕設(shè)施)和具有一定保持水土功能的地貌、植被，從而降低或減弱其原有的水土保持功能，所必須為此補償?shù)馁M用。

收費依據(jù)：《水土保持法》第二十一條第二款，《水土保持法》第二十七條及《水土保持法實施條例》第十九條等。

收費標準：按云南省物價局、省財政廳、省水利水電廳云價費發(fā)(1997)25號文“關(guān)于印發(fā)水土流失防治費及水土保持設(shè)施補償費征收標準和使用管理暫行辦法》的通知”和文山州人民政府批轉(zhuǎn)文山州發(fā)展和改革委員會、文山州水務(wù)局關(guān)于加強水土流失防治費及水土保持設(shè)施補償費征管工作的意見的通知(文政發(fā)[2006]94號)標準征收。

收費的對象：

水土流失防治費的收繳對象為：一、因技術(shù)或者不便于自行治理的單位和個人;二、是對已批準的“水土保持方案報告書”、“水土保持方案報告表”不進行實施的企事業(yè)單位和個人;三、主要是針對那些非定點式、流動性大，自己治理不現(xiàn)實的建設(shè)單位或個人。

補償費的收繳對象是在建設(shè)和生產(chǎn)過程中損壞水土保持設(shè)施的單位和個人。

5、監(jiān)督檢查：即指水行政管理部門及水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)，為了實現(xiàn)水土保持行政管理的職能，對管理相對人遵守法律、行政處理決定和處罰決定的情況所進行的監(jiān)督和檢查。水土保持行政監(jiān)督檢查的對象是被管理人。

監(jiān)督檢查的內(nèi)容：

第一、檢查有關(guān)單位和個人在生產(chǎn)建設(shè)活動中是否造成或者可能造成水土流失。

第二、檢查是否向水行政水保部門提交了“水土保持方案報告書”或“水土保持方案報告表”。

第三、檢查是否有水行政主管部門審批的水土保持方案。

第四、檢查這些有水土流失防治任務(wù)的企事業(yè)單位或個人，是否已定期向水行政主管部門通報了有關(guān)水土流失防治的工作情況。

第五、重點監(jiān)督“三同時”制度的執(zhí)行情況。一是檢查防治費的用途是否正確;二是檢查其水土保持措施是否與方案中所要求的一致;三是檢查水土保持治理措施質(zhì)量是否符合標準;四是檢查項目工程竣工時間，特別是重點查看方案報告中的水土保持工程是否按規(guī)定的時間與主體工程同時竣工。

第六、對防治費的收交和使用情況進行監(jiān)督檢查。

第七、對預(yù)防保護效益情況的檢查：一是檢查水土流失在面積上和總量上的減少程度;二是檢查通過預(yù)防保護措施后，所減少的水土流失危害以及由此而減少的損失費;三是監(jiān)測通過治理管護而發(fā)揮的效益;四是統(tǒng)計通過開展監(jiān)督管理工作，使各有關(guān)單位和個人對水土流失治理增加的投入。

6、驗收：即指水行政主管部門及其水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)，對生產(chǎn)建設(shè)單位和個人所建設(shè)的水土保持設(shè)施，按照審批的水土保持方案和“水土保持技術(shù)標準”進行竣工檢驗的過程。

驗收的基本要求：在建設(shè)項目主體工程竣工驗收時，必須同時驗收項目中的水土保持設(shè)施，并由負責審批水土保持方案的水行政主管部門主持驗收工作。經(jīng)驗收合格并頒后，主體項目工程才能投產(chǎn)使用。